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面对网贷发短信骚扰公司的情况，可以采取以下措施进行处理。
1、及时报警：如果收到威胁短信，应该及时报警，警方会根据情况采取相应的措施。
2、收集证据：保存相关短信记录，作为日后处理此事的重要证据。
3、与发短信的机构沟通：查明发短信的机构或公司，并与其沟通，要求其停止发送骚扰短信。
4、向相关部门投诉：可以向相关的监管机构或行业协会投诉，如网络金融监管部门等，也可以向电信运营商投诉，要求他们协助处理此事。
5、加强公司管理：确保公司的信息安全和隐私保护措施得到加强，避免泄露客户信息等敏感信息，公司也可以制定相应的规章制度，禁止员工泄露客户信息或滥用客户信息。
6、寻求法律帮助：如果骚扰行为严重干扰了公司的正常运营或造成了损失，可以考虑寻求法律帮助，通过法律手段维护公司的权益。
面对网贷发短信骚扰公司的情况，应该及时采取措施进行处理，保护公司的权益和信息安全，也需要注意保护自己的个人信息和隐私安全。